После того как модель открыта в правой панели ставим галочки на всех поверхностях (если их много пользуйтесь выделить все). После этого жмем Ctrl+A (либо вручную мышкой) что бы выделить все точки.
После того как все выделено, нажимаем Del (на некоторых клавиатурах Delete), на предупреждение отвечаем ОК
У нас осталось одна точка. Выделяем ее и жмем Правка => Вставка из файла. В открывшемся окне выбираем нужный файл .3ds и нажимаем открыть
Включаем все поверхности и видим нашу модельку
Затем сохраняем (Ctrl+S или значок на панели инструментов). И все, готово!